2020年新冠疫情暴发后，马晓春教授被任命为辽宁省新型冠状病毒肺炎重症专家组组长，负责辽宁省内重症及危重症患者的集中救治工作。他牵头组建了辽宁省重症患者救治前线指挥部，负责和协调全省新冠肺炎重症患者的指导救治。他还组建省内ECMO机动小组、重症应急支援梯队。他每天都奔波在省内四个新冠肺炎定点诊治中心，全身心的投入到新冠肺炎重症患者的临床救治工作中。他组织联合辽宁省内重症医学专家加强配合，建立快速沟通机制，实现信息共享和远程会诊。

马晓春教授运筹帷幄，对率先入驻武汉前线的第一批、第二批医疗队提出建议及防控指导，对疑难危重病予以远程会诊。他率先建议落实受援地“整建制”接收病区，这为后续辽宁援武汉医疗队顺利开展工作并取得优异成绩打下了坚实的基础。

4月14日，在辽宁疫情趋于平稳之后，作为国务院新冠肺炎联防联控机制医疗救治组专家，马晓春教授再一次背上行囊，奔赴黑龙江省绥芬河、吉林省舒兰市指导重症新冠肺炎救治工作。在支援牡丹江战“疫”的一个月里，马晓春参与指导救治409例病人，其中重症及危重症病人22人，实现了医护人员零感染、病人零死亡。

7月26日，大连出现聚集性疫情，马晓春受国家卫生健康委指派，作为专家组成员前往大连。他坚持以往一贯的工作作风，每天出现在重症患者床旁，耐心细致的查看每名患者病情。他常说：“重症患者的病情变化往往会很快，仅听报告未必能掌握病人全面准确的情况，必须亲眼看过才放心”。8月16日，随着大连疫情的平稳，马晓春又奔赴新疆乌鲁木齐，指导新冠肺炎重症患者的救治。八个月，240天，马晓春始终坚守在抗疫一线，与来自全国的同道一起，为提升救治重症患者的成功率不懈努力，他也是唯一参与了整个东北战“疫”的专家。